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Der Name Munkbrarup, den das Dorf und das bis zum Anfang des 19. Jh. auch Glücksburg und die Halbinsel Holnis umfassende Kirchspiel trägt, erinnert an die Zisterziensermönche des Rüdeklosters, an dessen Stelle heute das Schloß Glücksburg steht. Im 13. Jh. wurde ihnen das Patronat über das Kirchspiel übertragen.
Die romanische Kirche entstand um 1200 nach dem Vorbild von St. Marien in Sörup als Granitquaderbau hoher Qualität. Im Gegensatz zu Sörup ist jedoch das Schiff kurz und ungewöhnlich breit. An den eingezogenen quadratischen Chor schloss sich auch hier eine durch Halbsäulen und Blenden gegliederte Apsis an. Von den Rundbogenfenstern romanischer Form ist nur das Nordfenster des Chores im Original erhalten: die anderen wurden bei der gründlichen, die romanische Außenerscheinung wieder anstrebenden Renovierung durch den Flensburger Architekten Widmann 1936/37 frei rekonstruiert.
Unverändert sind die beiden Portale, das nördliche einfach, das südliche von großer Pracht. Wie am Petriportal des Domes zu Schleswig erhielten seine gestuften Gewände je 3 Säulen mit plastisch verzierten Basen und Würfelkapitellen. Der Verzicht auf eine Verstärkung der Wand um das Portal wie in Schleswig führte allerdings dazu, dass das vordere Säulenpaar teilweise vor die Wandfläche tritt, ohne einen entsprechenden Bogen aufzunehmen. Die Scheitel des inneren Bogens trägt das Relief eines Tierkopfes mit einem Menschen im Maul, am äußeren Bogen sieht man den Löwenbändiger Simson. Von archaischer Strenge ist das Tympanonrelief mit dem thronenden Christus zwischen Petrus und Paulus. In der Spätgotik (wohl 15. Jh.)brach man die Apsis ab und baute den Turm (Giebel und Dach 1936/37) und das Vorhaus an. In den unteren Schichten dieser Bauteile sieht man noch gekrümmte, profilierte Sockelsteine der Apsis. Die Blendnische um die Fenstergruppe der spätgotischen Ostwand ist mit Gesimsteilen und Kämpferstücken mit Köpfen von der Apsis verziert.
1565 brannte die Kirche durch Blitzschlag ab. 1582 ließ Herzog Hans der Jüngere, dem nach der Auflösung des Rüdeklosters das Patronat zustand, sie durch seine Baumeister Nikolaus Karies vom Schloß Glücksburg und Peter Castella, Sonderburg, wiederherstellen. Der Raum erhielt dabei rundbogige Kreuzgratgewölbe, zwei ohne trennenden Gurt auf derben Rundpfeilern im Schiff, eines im Chor. Es entstand ein weiter, relativ niedriger und durch den weißen Anstrich etwas nüchtern wirkender Renaissanceraum.
Über dem gemauerten Altar hängt heute das eindrucksvolle Triumphkreuz vom Ende des 15. Jh. Seine Größe und außerordenliche Qualität lassen vermuten, dass es aus der abgebrochenen Abteikirche des Rudeklosters stammt. Der seit 1937 an der Nordwand hängende Altaraufsatz der Renaissance umschließt ein reizvolles Hausaltärchen. Es entstand im 3. Viertel des 16. Jh. in den Niederlanden und enthält vorzügliche Alabasterreliefs der Dreifaltigkeit und der Auferstehung.
Ein wohl zur Schleswiger Granitbauhütte gehöriger Meister schuf in sehr persönlicher Auffassung um 1200 die mächtige Granittaufe. Über den Zinnen seines romanischen Palastes erscheint ein König, in urtümlicher Dramatik kämpfen vier Männer mit einem riesigen, das Böse symbolisierenden Löwen. Die Spätrenaissancekanzel mit 4 Brüstungsreliefs ist eine Arbeit der Flensburger Ringeringwerkstatt von Anfang des 17. Jh. Holländischen Einfluss zeigt das Ölbild: Salome mit dem Kopf des Johannes aus der 1. Hälfte des 17. Jh. Aus dem späten 17. Jh. stammen die Bilder der Pastorenfamilie Valentiner (mit totgeborenem Kind) und des Pastors Fabricius. Den schönen barocken Orgelprospekt schuf Johann Daniel Busch in Itzehoe 1740, das Werk wurde im 19. Jh. von Marcussen und Hansen gebaut.
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